二代健保於102年1月1日實施，為了改善健保財務虧損的問題。二代健保分成兩種費率：『一般保險費』和『補充保險費』。
一般保險費就是原有的健保費制度，以經常性薪資所得為主，健保署會主動開立帳單給企業繳款。二代健保補充險費是健保署要求企業在發放企業投保的員工薪資之外，還有給付補充保費規範的六類個人所得時，要在支付時先做『二代健保補充保費』扣費及代繳，也就是向『實付薪資大於投保薪資差額的企業(投保單位)』和『六類應付補充保費所得的人員(領所得之保險對象)』進行課徵。
費率為何？
現行的『一般健保費率』為5.17%。『補充保費』費率為2.11%(110年1月1日起調漲)，因此公司若有額外給付固定薪資以外的金額時，必須由公司計算補充保費金額，自行列單繳款。
二代健保補充保費怎麼計算？
企業雇主應付的補充保費包含企業(投保單位)每月依『薪資差額』加收的2.11％補充保費，另須『代扣』給付給個人(保險對象)的2.11%補充保費，並依規定時限繳款給金融代收機構，且次年1月底前須填寫『扣費憑單』給個人，並向健保署申報扣費明細表。
一、 企業(投保單位)的補充保險費
企業雇主的補充保險費是用薪資差額計算，當每月發放薪資、獎金總額 (包含員工薪資獎金、負責人薪資、兼職人員薪資、車馬費、接案人員薪資、承攬、委外人員薪資等) 超過員工當月投保金額總額時，多出來的部分需要額外繳交2.11%的補充保費，並在給付隔月月底前自行列單繳納給健保署。
公式= (每月支付薪資總額－受僱者當月投保金額總額)×費率2.11%
(一) 每月支付薪資總額是指哪些？發給員工的薪資獎金哪些要列入？
薪資所得，係指因工作取得的收入，例如薪金、俸給、工資、津貼、歲費、獎金、紅利及各種補助費等，簡單來說，除了免稅額度內的加班費、未休假獎金之外，企業付給員工的基本底薪以及各種補助、津貼、獎金，都屬於所得稅法明定的薪資所得，必須依法計算補充保費。
(二) 受僱者當月投保金額總額是指哪些？
指當月有在企業投保、領薪，且有計收自付保險費的被保險人(不包括雇主、代辦第6類投保者、育嬰留職停薪者)，健保署會在每月寄發一般健保繳費單時，一併提供每月受僱者的投保薪資總額在一般保費的欄位中，供企業參考薪資差額的計算。
(三) 雇主補充保險費試算：
◎案例一：公司須繳補充保費
A企業111年6月支付薪資總額為120萬元，當月員工薪資所得投保薪資總額為100萬，則A企業在7月底要向健保局繳納多少補充保費？
計算方式：(實付120萬元-投保100萬元)x2.11%=4,220元
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◎案例二：公司不須繳補充保費
B企業僱用10名員工，111年6月投保薪資總額35萬，當月支付薪資總額為32萬元，則B企業在7月底要向健保局繳納多少補充保費？
計算方式：(實付32萬元-投保35萬元)x2.11%=-633元 (負數不用繳款)
二、個人(保險對象)補充保費計算方式
對個人而言，除了薪資所得須繳納一般健保費個人負擔費用，還有六類所得會被課徵二代健保補充保費，分別是「1.四倍獎金、2.兼職所得、3.執行業務所得、4.利息所得、5.股利所得、6.租金所得」。由企業雇主(投保單位或扣繳義務人)在給付所得時，代為扣取2.11%補充保險費，因此所得人不必自行繳納。
例如給付房東租金，單筆超過2萬要扣繳補充保費，或聘請講師給付演講鐘點費，單筆給付超過2萬也要扣繳補充保費。另外，若給付給員工超過每月投保薪資四倍以上獎金或兼職人員的薪資，也需要代扣2.11%補充保費。
公式=各項補充保險費的之所得(收入)金額×補充保險費率2.11%
(一) 個人(保險對象)應代扣的補充保費，圖示如下：
提醒一下，給付給『企業法人』不需扣取代繳補充保費，因健保係屬保障『自然人』的醫療需求，『企業法人』無健保需求，故不需要。例如給付給記帳士個人的執行業務所得超過2萬元需要扣2.11%，但若是記帳士有成立事務所來執行業務，所得是報給事務所就不用扣補充保費。
(二) 免扣繳身分有哪些？
以下是健保署提供的免扣繳對象一覽表，只要檢附相關證明文件可免扣取補充保險費：
(三) 被保險人補充保險費試算：
◎案例一：個人領取高額獎金未超過投保金額4倍，不需扣取補充保費
A小姐在室內設計公司上班，111年2月投保金額為31,800元，並領取年終獎金11萬元，A小姐需被扣取補充保費嗎？
計算方式：因給付獎金11萬元未超過當月投保金額31,800元的4倍127,200元(31,800元x4=127,200元>11萬元)，A小姐不需被扣取補充保費。
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◎案例二：個人領取高額獎金超過投保金額4倍，需扣取補充保費
B先生在科技公司上班，111年1~6月投保金額為每月31,800元，公司分別在1月發了獎金5萬元、6月發了紅利10萬元，公司需扣取B先生補充保費嗎？
計算方式：111年1月份領取獎金未超過當月投保金額31,800元4倍(31,800元x4=127,200>5萬元)，故不用扣取補充保費，111年6月再領取獎金10萬元，累計獎金超過投保金額4倍(31,800元x4=127,200元<15萬元)，B先生應扣取補充保險費481元 (150,000-127,200)x2.11%=481元。
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◎案例三：個人領取兼職所得超過當年度基本工資，須扣取補充保費
C小姐在廣告行銷公司兼職電話行銷開發工作，未投保於廣告行銷公司，在6月領取兼職所得及業績獎金共3.5萬元兼職薪資，公司需扣取C小姐補充保費嗎？
計算方式：應扣取C小姐薪資所得35,000元x2.11%=739元。如兼職金額計入該公司6月薪資總額後大於公司投保總額，雇主也需支付企業超出投保總額應計之補充保費。
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◎案例四：軟體工程師取得程式設計所得超過2萬，須扣取補充保費
D先生是自由接案的工程師，接受網站公司專案委託協助完成網頁設計程式，取得執行業務所得6萬元，網站公司需扣取D先生的補充保費嗎？
計算方式：應扣取D先生執行業務所得60,000元x2.11%=1,266元。在所得扣繳的規定中，企業本應扣執行業務所得10%扣繳稅款，故支付給D先生的設計費為：60,000-(60,000×10%)-(60,000×2.11%)=52,734。
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◎案例五：個人房東領取租金所得超過2萬，須扣取補充保費
H先生將店面租給KK公司當辦公室，每月租金為5萬元，公司需扣取H先生的補充保費嗎？
計算方式：應扣取H先生租金所得50,000元x2.11%=1,055元。在所得扣繳的規定中，企業本應扣租金所得10%扣繳稅款，故支付給H先生的租金計算為：50,000-(50,000×10%)-(50,000×2.11%)=每月實付租金為43,945。
補充保費扣繳方式？
企業雇主計算出企業所屬的投保單位(不需申報明細)及被保險對象(需申報明細)補充保險費後，可在健保署網站二代健保『補充保費作業專區』操作列印繳款書，並在次月底期限內至金融機構或便利商店代收單位繳納補充保費。而被保險對象的扣費申報可採按月或按年度申報，按年度申報者，需於每年1月31日前要將上一年度向被保險對象扣取之補充保險費數字，填報扣費明細彙報健保署，並將扣費證明列單給被保險對象。
雇主未依規定扣繳補充保費有罰則嗎？
企業雇主若未依規定扣取及代繳保險對象的補充保險費，健保署可限期要求補繳，並按照應扣繳金額處1倍罰鍰，如果仍未在期限內補繳，最高可以處3倍罰鍰。
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